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일본 정부는 이날 독도 남쪽 해양 구역인 일본 배타적경제수역(EEZ)에서 한국조사선이 해양 활동을 했다며 강력 항의했다고 일본 외무성이 밝혔다.
외무성은 이에 대해 "한국조사선 '해양2000'이 와이어와 같은 것들을 바닷속에 투입하고 있다는 사실을 확인했다"며 "조사선에 의한 조사에 대해 한국측으로부터 일본측에 대한 사전 동의 신청은 없었다"고 항의했다.
그러면서 "6일 밤 나마즈 히로유키 아시아대양주국장이 김장현 주일한국대사관 정무공사를, 미바에 다이스케 주한일본대사관 총괄공사가 서민정 외교부 아시아태평양국장을 상대로 각각 일본 EEZ에서 일본의 사전 동의 없이 조사가 이뤄진 것은 받아들일 수 없으며, 즉각 중단돼야 한다며 강력히 항의했다"고 설명했다.
일본 산케이신문도 "제8관구 해상보안본부가 한국의 조사선 '해양2000'이 와이어 같은 것을 바닷속에 투입하고 있는 모습을 확인했고, 사전 동의 신청 없이 해양조사를 한 혐의가 있어 해상보안청 순시선이 무전으로 중지를 요구했다"고 보도했다.
이어 "8관구 순시선이 6일 오전 5시10분께 다케시마 남쪽의 해역에 조사선이 있는 것을 확인하고, 오후 6시쯤 무선으로 호출했다"며 "주위가 어두워 그 후 조사선의 동향은 분명치 않다"고 전했다.
해양 2000호는 국립해양조사원 소속 해양조사선으로 2161t급이다. 해양 2000호는 음파를 활용해 해류 흐름을 관측하고 수온을 측정하면서 해양조사를 진행하고 있다. 독도 부근 바다 구역도 정기적으로 조사하고 있으며 이 과정에서 일본 정부는 강력 항의하는 등 갈등을 빚고 있다.