극히 드물었던 금융당국의 이 같은 공매도 관련 처벌은 만시지탄이지만 몇 가지 문제점은 여전히 남아있다. 먼저 공매도 규정 위반에 대해 5년이 넘도록 처벌을 미루었고 처벌 수위도 솜방망이라는 점이다. 신한투자증권의 경우 무려 5년 동안 99개 종목에 대해 공매도 순보유잔액을 늦게 보고했지만 고작 3600만원의 과태료 처분만 받았다. 밸류시스템자산운용의 경우 공매도 보유잔액 지연보고만 5년 전부터 1년 동안에만 무려 30개 종목에 달했다고 한다. 주식거래에서 공매도 잔액수준은 투자자에게 주식의 과대평가를 판단할 하나의 중요한 잣대다. 그런데 이런 행위를 수시로 저질렀다니 시세조정행위가 아닌지 철저히 조사해야 한다. 특히 무차입 공매도 업체들에 대한 처벌도 형식적 수준이다.
공매도 제도는 '기울어진 운동장'이란 지적을 받아왔다. 개인투자자 상환기간은 90일인 데 비해 외국인은 무기한이고 증거금도 140%와 105%로 차이가 난다. 제도적으로 자금력과 정보력에 뒤지는 개인에게 불리하다. 최근 주가가 50% 이상 급등락하는 등 주식시장은 공매도로 매우 혼란스럽다. 금융당국은 현재 시장 상황을 면밀히 점검하는 한편 근본적인 개선책을 마련해 시장 질서를 교란시키는 불법 공매도를 뿌리 뽑길 바란다.